El Museo nació gracias a la vocación museológica del coleccionismo privado de Rosario, pero se consolidó y se transformó en un proyecto de Estado como lo demuestran las sucesivas adquisiciones realizadas por los gobiernos provincial, nacional y municipal apenas decretada su fundación en 1936.

El patrimonio del Museo cuenta hasta el momento con unos 27.000 objetos inventariados, de los cuales se destacan las colecciones arqueológicas, la colección de arte hispanoamericano colonial, numismática y platería criolla.